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      破武漢封城之局:精準qPCR檢測+基因測序復核+抗體水平評估

      儀器信息網 2020/02/05 14:58:42 點擊 469 次
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      [導讀] 精準的qRT-PCR檢測,配合必要的基因測序復核及抗體水平的評估是“紓臨床診斷之困,解社會恐慌之壓、破武漢封城之局”的最佳組合。

      2020舊歷庚子年春節,將注定被銘刻在人類抗疫的史冊上。占全球人口五分之一的中國迎來自己一年一度最盛大的節日——春節。數億人將返鄉、數億人將外出旅行,他們的足跡將遍及祖國大江南北每個鄉村和世界各大名勝秀地。然而新型冠狀病毒的陰影在佳節前開始蔓延,并因春節到來防控難度被指數級放大。新冠病毒的防控從一開始就受到了我國政府及世衛組織的高度重視。

      1月20日,中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席習近平作出重要指示,強調要把人民群眾生命安全和身體健康放在第一位,堅決遏制疫情蔓延勢頭。

      面對疫情,華大積極參與病原研究,第一時間予以技術支持,并攜手多國及地區開展病原合作,進行病毒快速檢測、鑒定及病毒變異監測。在最早一批提交至全球共享流感病毒數據庫GISAID發布的13例新型冠狀病毒基因組序列數據中,有5例數據來自華大智造高通量測序儀——MGISEQ-2000,這為研究分析武漢新型冠狀病毒的進化來源、致病病理機制提供了第一手資料。

      一、研發先行,資質開路,華大為抗擊疫情提供完整檢測解決方案

      2020年1月初,華大基因下屬子公司緊急組織科研及生產力量,開始了相關試劑盒的研制工作。在通過嚴格的試劑盒生產工藝和質量控制等環節確保穩定性和準確性后,于1月14日官方宣布完成2019新型冠狀病毒核酸檢測試劑盒(RT-PCR熒光探針法)成品的全部研制工作。該新型冠狀病毒核酸檢測試劑盒可以用于疑似患者的快速識別、鑒定,協助疾控部門和醫療機構采取及時有效的防控措施。

      1 MGISEQ-2000.png

      在此期間MGISEQ-2000再次發揮了其全面靈活、質量穩定、測序速度快等優勢;贛GISEQ-2000高通量測序儀進行高敏PMseq-RNA檢測,對于部分病毒含量較低的樣本,可以作為核酸檢測試劑盒(RT-PCR熒光探針法)的補充,能夠提高陽性檢出率,避免漏檢;對于疑似感染、多重感染或繼發感染病原樣本,可以提供更多可能感染的病原信息,確定病原的完整基因組,來源和變異情況,提供致病病理機制有效依據,輔助臨床更加有效的診療。

      2 MGISEQ-2000.png

      目前華大基因已在提供新型冠狀病毒第三方檢測服務。以華大集團旗下華大智造生產的系列測序儀為核心構成的世界領先高通量測序平臺,堅如磐石的支撐著大疫當前病毒檢測的質量與數量需求。 

      華大基因新型冠狀病毒檢測試劑盒和華大智造DNBSEQ-T7測序系統獲得國藥監局應急審批

      冠狀病毒以其不穩定、高變異性著稱,因此在用RT-PCR試劑盒篩查的同時,也需用超級測序儀對病毒進行可能的變異監控。

      此次華大基因有兩款試劑盒通過國藥監局應急審批。其中新型冠狀病毒2019-nCoV核酸檢測試劑盒(熒光PCR法),基于RT-PCR技術可實現3個小時內快速檢測;另一款新型冠狀病毒2019-nCoV核酸檢測試劑盒(聯合探針錨定聚合測序法)則是基于宏基因組測序的檢測試劑盒,能夠鑒別診斷包括新冠狀病毒在內的其他冠狀病毒和呼吸道病原的感染,實現病毒序列快速檢測。獲批試劑盒將會發往各地醫院、疾控中心和出入境檢驗檢疫局,用于測定疑似患者的樣本中是否有新型冠狀病毒。

      和兩款試劑盒及分析軟件一同獲批的DNBSEQ-T7測序系統,是目前全世界日通量最高的測序儀,它能在5小時內完成SE50測序,每次運行樣本檢測通量達到50-200樣本,每個樣本可獲得平均100 M以上數據產出;最快可在20小時內對128個病例實現從樣本到下機報告的輸出,且每個樣本經高通量測序獲得的總Reads數超過100 M reads,能有效提高病原微生物的檢測靈敏度,在確保高準確度檢測外,能提供進一步病毒演變分析數據支持。

      為此,華大基因緊急運送2臺華大智造超高通量測序儀DNBSEQ-T7支援武漢。作為超高通量測序儀,T7搭載自動化樣本制備系統,有望解決檢測瓶頸,進一步提升送檢樣本的檢測效率,對武漢疫情的科學臨床防控提供強有力的技術支撐。

      3 MGISEQ-2000.png

      精準的qRT-PCR檢測,配合必要的基因測序復核,為抗擊疫情提供新型冠狀病毒檢測整體解決方案

      截止目前,華大已探索出針對新型冠狀病毒檢測行之有效的整體解決方案:精準的qRT-PCR檢測,配合必要的基因測序復核及抗體水平的評估是“紓臨床診斷之困,解社會恐慌之壓、破武漢封城之局”的最佳組合。

      使用快速檢測試劑盒(新型冠狀病毒2019-nCoV核酸檢測試劑盒—熒光PCR法)3個小時左右快速檢測出具報告。針對陰性疑似樣本使用基于宏基因組測序的新型冠狀病毒2019-nCoV核酸檢測試劑盒(聯合探針錨定聚合測序法)進行補充復核,同時鑒別診斷包括新冠狀病毒在內的其他冠狀病毒和呼吸道病原的感染。使用抗體檢測可以了解人群中有多少人曾經感染過新冠病毒,篩查出無癥狀感染者。

      因此結合RT-PCR和宏基因組檢測,可更快、更全面覆蓋2019-nCoV病毒檢測,并監測新型冠狀病毒在傳播過程中可能會發生的變異,進一步結合抗體檢測進行流行病學調查。這對新冠的徹底防控以及類似病毒流行病學的研究與防控,具有重要意義。

      二、主動出擊,極致交付,捐贈馳援送愛心

      疫情攻堅,需要多方力量共同努力,目前華大主動出擊和各地疾控中心緊密合作,依托高通量測序系統MGISEQ-2000和T7,快速對各地疑似患者進行宏基因組測序分析,憑借數據質量準確穩定和通量靈活等特點,在多地為新冠狀病毒疫情的科學臨床防控提供有力的平臺支撐。在疫情發生期間,物流運輸和技術支持不間斷提供服務,確保各地檢測第一時間順利開展,在最短時間產出高質量的測序數據。戰勝疫情,共克時艱。

      全力保障試劑盒生產和供應,極致交付,為疫情一線提供最快響應

      春節期間,華大已快速成立了應急指揮部,安排人員專職負責生產、質量、儲運方面的監控和應急值守,開足馬力、全力以赴保障檢測試劑盒的生產和供應,以盡快讓武漢及全國的疑似病例都能在第一時間使用試劑盒,并在到樣后3小時左右出檢測結果,有效防控疫情蔓延。華大武漢、深圳、天津等各地團隊均已隨時待命,為疫情一線防控提供最快響應。

      據悉,華大目前已向包括武漢地區在內的全國各地共投放試劑盒約5萬人份。

      同時,華大分別宣布向武漢、湖北各捐贈1萬人份新型冠狀病毒檢測試劑盒,以馳援當地新冠肺炎防控。眼見疫情防控形勢嚴峻,又于1月29日宣布聯合各界愛心機構和人士追加捐贈10萬份新型冠狀病毒檢測試劑盒。

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      在全力滿足國內檢測需求的同時,面向國際華大還與文萊衛生部、泰國公共衛生部、尼日利亞國家醫學研究中心(NIMR)、南非國家衛生實驗局國家傳染病研究所(NICD)、中國香港和臺灣地區的相關機構,達成“新型冠狀病毒試劑盒”的供應和其他病原監測方面的合作。 

      5 MGISEQ-2000.png

      三、服務升級,想一線之所想,急抗疫之所急

      疫情前線臨床普遍反應,目前各地滿足篩查條件和篩查能力的檢測實驗室數量有限,已有的實驗室滿負荷工作,無法滿足短時間內對所有疑似病患進行病毒篩查與確診。然而病毒篩查是此次防控疫情的核心,早一分鐘確診,病患就能早一步得到精準的治療,就能更早康復。這既是高瞻遠矚的國家戰略需要,也是普惠健康的民生工程,更是疫情當前急需解決的實際問題。

      華大集團、萬科集團、松禾資本30日對外宣布,將以湖北省為重點地區,在全國范圍內緊急征集大約20家PCR醫學實驗室,通過猛犸基金會對于具備一定條件的醫學實驗室,提供資金和專業支持,使其快速提升檢測能力,以應對不斷增加的檢測需求,預計捐贈投入近千萬元。

      同時,針對抗疫一線檢驗人員對病原微生物檢測臨床應用實驗室操作的培訓需求,華大已調集專家緊急制作培訓視頻,免費上線面向公眾開放。

      華大已做好充分準備,將一如既往利用基因科技的力量,助力國家疫情防控,維護全球衛生安全。疫情攻堅,需要多方力量共同努力,愿更多有志之士攜手共進,戰勝疫情,共克時艱。

      供稿:華大基因股份有限公司醫療器械部

      基因測序儀專場

      “抗擊新冠疫情 儀器人在行動”專題

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